以下のディレクトリはテスト用で、apps/tests/に移動済みです。
手動で削除してください：

rm -rf ny-echo-lite/
rm -rf ny-map-llvm-smoke/
rm -rf ny-vinvoke-smoke/
rm -rf ny-vinvoke-llvm-ret/
rm -rf ny-vinvoke-llvm-ret-size/

これらはすでに apps/tests/ にコピー済みで、
tools/llvm_smoke.sh も更新済みです。