feat(plugin): Fix plugin BoxRef return and Box argument support

- Fixed deadlock in FileBox plugin copyFrom implementation (single lock)
- Added TLV Handle (tag=8) parsing in calls.rs for returned BoxRefs
- Improved plugin loader with config path consistency and detailed logging
- Fixed loader routing for proper Handle type_id/fini_method_id resolution
- Added detailed logging for TLV encoding/decoding in plugin_loader_v2

Test docs/examples/plugin_boxref_return.nyash now works correctly:
- cloneSelf() returns FileBox Handle properly
- copyFrom(Box) accepts plugin Box arguments
- Both FileBox instances close and fini correctly

🤖 Generated with [Claude Code](https://claude.ai/code)

Co-Authored-By: Claude <noreply@anthropic.com>

docs/reference/README.md

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+# Nyash Reference Documentation 📖
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+このディレクトリには、Nyashプログラミング言語の正式な技術仕様が含まれています。
+
+## 📚 サブディレクトリ
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+### language/
+- 言語仕様（構文、型システム、Box仕様、デリゲーション）
+- 正式な言語リファレンス
+
+### architecture/
+- システムアーキテクチャ（MIR、VM、インタープリター）
+- 実行バックエンド仕様
+- 内部設計ドキュメント
+
+### api/
+- ビルトインBoxのAPI仕様
+- 標準ライブラリリファレンス
+- 各Boxのメソッド詳細
+
+### plugin-system/
+- プラグインシステム仕様
+- BID-FFI（Box Interface Definition - Foreign Function Interface）
+- プラグイン開発ガイド
+
+## 📝 注意事項
+このディレクトリのドキュメントは安定版です。開発中の仕様は`development/`を参照してください。