feat(plugin): Fix plugin BoxRef return and Box argument support

- Fixed deadlock in FileBox plugin copyFrom implementation (single lock)
- Added TLV Handle (tag=8) parsing in calls.rs for returned BoxRefs
- Improved plugin loader with config path consistency and detailed logging
- Fixed loader routing for proper Handle type_id/fini_method_id resolution
- Added detailed logging for TLV encoding/decoding in plugin_loader_v2

Test docs/examples/plugin_boxref_return.nyash now works correctly:
- cloneSelf() returns FileBox Handle properly
- copyFrom(Box) accepts plugin Box arguments
- Both FileBox instances close and fini correctly

🤖 Generated with [Claude Code](https://claude.ai/code)

Co-Authored-By: Claude <noreply@anthropic.com>

docs/development/roadmap/native-plan/llvm/APE-Magic-Explained.md

@@ -0,0 +1,122 @@
+# 🪄 APE (Actually Portable Executable) の魔法を解説！
+
+**「えっ、1つのファイルが3つのOSで動くの！？」**
+
+はい、本当です！これは**実在する技術**です！
+
+## 🎩 **APEの魔法の仕組み**
+
+### **実例を見てみよう**
+```bash
+# これが実際のAPEバイナリ
+$ ls -la hello.com
+-rwxr-xr-x 1 user user 65536 Aug 20 hello.com
+
+# Linuxで実行
+$ ./hello.com
+Hello from Linux!
+
+# 同じファイルをWindowsにコピー
+> hello.com
+Hello from Windows!
+
+# 同じファイルをmacOSで実行
+$ ./hello.com
+Hello from macOS!
+```
+
+**たった1つのファイル `hello.com` が全部で動く！**
+
+## 🔮 **どうやって実現してるの？**
+
+### **秘密：ファイルヘッダーの魔法**
+
+APEファイルの先頭部分：
+```
+00000000: 4d5a 9000 0300 0000 0400 0000 ffff 0000  MZ..............  # Windows PE
+00000010: b800 0000 0000 0000 4000 0000 0000 0000  ........@.......
+00000020: 0000 0000 0000 0000 0000 0000 0000 0000  ................
+00000030: 0000 0000 0000 0000 0000 0080 0000 0000  ................
+00000040: 7f45 4c46 0201 0100 0000 0000 0000 0000  .ELF............  # Linux ELF
+```
+
+**同じファイルに複数のOSのヘッダーが共存！**
+
+### **OSごとの読み方**
+
+1. **Windows**: 「MZ」で始まる → PEファイルとして実行
+2. **Linux**: ELFマジックナンバーを探す → ELFとして実行
+3. **macOS**: Mach-Oヘッダーを探す → Mach-Oとして実行
+
+## 🛠️ **Cosmopolitan Libc - 実在するプロジェクト**
+
+**GitHubで公開されています！**
+- https://github.com/jart/cosmopolitan
+- 開発者: Justine Tunney (元Google)
+- スター数: 17,000+ ⭐
+
+### **実際のビルド方法**
+```bash
+# Cosmopolitanを使ったビルド
+gcc -g -O -static \
+    -fno-pie -no-pie \
+    -nostdlib -nostdinc \
+    -o hello.com \
+    hello.c \
+    cosmopolitan.a \
+    -Wl,--gc-sections \
+    -Wl,-T,ape.lds
+```
+
+## 📊 **APEの利点と制限**
+
+### **利点** ✅
+- **配布が超簡単**: 1ファイルで全OS対応
+- **依存関係なし**: 完全に自己完結
+- **小さいサイズ**: 静的リンクでも小さい
+
+### **制限** ⚠️
+- **x86_64のみ**: ARM版はまだ実験的
+- **GUI制限**: 基本的にCLIアプリ向け
+- **OS固有機能**: 一部制限あり
+
+## 🎯 **NyashでのAPE活用案**
+
+### **段階的アプローチ**
+
+**Phase 1: 通常のマルチターゲット**（現実的）
+```bash
+nyashc --targets linux,windows,macos
+# → 3つの別々のファイル生成
+```
+
+**Phase 2: APE実験**（6ヶ月後）
+```bash
+nyashc --target ape
+# → nyash.com (全OS対応の1ファイル！)
+```
+
+### **実装イメージ**
+```rust
+// NyashのLLVM IR → Cコード生成
+let c_code = transpile_to_c(&llvm_ir);
+
+// Cosmopolitanでコンパイル
+compile_with_cosmopolitan(&c_code, "nyash.com");
+```
+
+## 🤔 **本当に必要？**
+
+**正直な評価**：
+- **配布簡単さ**: ⭐⭐⭐⭐⭐ 最高！
+- **実装難易度**: ⭐⭐ 意外と簡単（Cosmopolitan使えば）
+- **実用性**: ⭐⭐⭐ CLIツールなら十分実用的
+- **かっこよさ**: ⭐⭐⭐⭐⭐ 最高にクール！
+
+## 💡 **結論**
+
+APEは**「欲張り」じゃなくて「賢い」**アプローチ！
+
+でも、まずは普通のマルチターゲット対応から始めて、APEは「究極の目標」として楽しみに取っておくのが現実的かも？
+
+**にゃーも「Everything is Box」なら、APEは「Everything is ONE Binary」！**🎩✨